電影:

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這一天，大室家的氣氛異常緊張。「不要！與其這樣…我寧願不要當姊妹了。」花子生氣地說，櫻子聽到忍不住哭了起來。吵架的原因是櫻子想把一件印著「超大公雞」圖案的帽T送給花子。撫子看到這一幕，表情一如往常冷淡。櫻子拼命想宣傳這件沒人要的帽T，但除了保暖之外，她找不到任何優點。最後，兩人取笑她，撫子和花子都很驚訝只有櫻子感到錯愕。大室家今天大概也很平靜吧。...

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在炎熱的夏日，冬樹發現了一個不可思議的石像，外貌與K隆星人十分相似。於是一場冒險作戰展開了！當 Keroro 小隊、冬樹、摩亞抵達南方之島時，突然間受到不明的敵人攻擊，在島上牽起極大騷動。更重要的是～對手竟然是 Giroro？！...

　　在關東熾烈的爭霸戰中，這些繼承著三國武將魂魄、並經歷無數次激戰的鬥士們這次終於重回久違而短暫的和平生活……。 　　由孫策伯符領軍的南陽學院鬥士們，正前往京都進行「集鍔旅行」。所謂的「集鍔旅行」就是鬥士們趁大鬥士大會之間的空檔，為各自的勾玉補充靈力而進行的遠征修練。在全日本靈力最旺的都市──京都裡，有一群繼承了日本戰國武將魂魄的鬥士。他們以「刀鍔」代以勾玉，而據說收集這些刀鍔可以為勾玉補充靈力。 　　然而，在乘坐新幹線前往京都中，竟然遇上敵軍──由劉備率領的成都學園及由曹操領軍的許昌學院！...

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宮藤芳佳在摧毀涅洛伊巢穴的戰鬥中失去了魔力。 501部隊解散後，她回到家鄉扶桑，久違地過上了平靜的生活，但在前上司坂本等人的安排下，她決定出國留學，去歐洲的一所醫學院學習。 宮藤與坂本在海軍學院的學生服部静夏再次前往歐洲。 同時，前501部隊的成員分散在各地，過著各自的生活，但在宮藤返回歐洲並出現新的尼羅伊跡象後，他們又開始聚集。 這時，強大的涅洛伊出現在正在歐洲旅行的宮藤和静夏面前，宮藤陷入了有史以來最大的危機。 原501部隊成員能否安全營救宮藤等人？！...

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